Автоботы под руководством Оптимуса завершают подготовку к отлету на новом транспортом корабле, который называется "Ковчег". В это время Десептиконы массово начинают атаковать космодром через сектор, который должен был охранять Гримлок. Оптимус добирается до базы Автоботов, узнает, что Гримлок исчез, а оставшихся солдат фиолетовозначные попросту снесли, дает задание Джазу найти пропавшего и вместе с Ворпатом отправляется к Персептору, которого вместе с группой ученых зажали в центре управления. Непродолжительный бой, и доступ открыт. Лидер Автоботов получил от ученого информацию о старых орудиях, которые находятся где-то на территории города, и отправился найти и активировать их, чтобы защитить "Ковчег". Активировать орудия за счет подачи энергона от Ковчега удалось, но обороняться от атак десептиконов долго не вышло - запасы энергии быстро подошли к концу.
Когда уже стало казаться, что атаки Десептиконов не отразить, Оптимус нашел Древнего Автобота - Метроплекса и с его помощью спасает корабль, но сам попал в ловушку, которую устроил Старскрим. Лидера Автоботов транспортируют к Лорду Десептиконов, но в это время Метроплекс, восстановившийся после сильнейших повреждений, которым подвергся, уничтожая Варп-пушки Десептиконов, обнаружил базу врагов, и уничтожил Мегатрона, буквально раздавив его кулаком. Но есть и плохие новости — оставшегося энергона не хватит, чтобы «Ковчег» взлетел.
Тем временем Клиффджампер и Джаз на транспортнике, который пилотирует Сайдсвайп, отправляются к Морю Ржавчины - там последний раз видели Гримлока и его отряд. Клифф и Джаз обнаруживают старые развалины и Десептиконов, прочно обосновавшися в них. Красный разведчик нашел древний планетарий, где особо отмечена неизвестная планета (Земля), а заместитель Оптимуса - Сладжа, одного из членов отряда Гримлока, точнее, его тело и логово инсектиконов. Затем диверсанты обнаружили целое озеро энергона и башню, созданную Древними. Наконец, Клиффджампер и Джаз находят Шоквейва, который запускает ту самую башню, которая оказывается «Планетарным мостом» — устройством, открывающим порталы в любую точку вселенной. Случайный выстрел, которым они собирались убрать гения из игры, повредил топливопровод. За секунды до взрыва автоботы сбежали с базы и спаслись на траспортнике, где их поджидает Сайдсвайп. Немедленнную новость об озере энергона сообщают командованию через связь.
Оптимус посылает старый огромный транспортник, чтобы вывезти драгоценный энергон к "Ковчегу", но новому лидеру Десептиконов, Старскриму, это совсем не нравиться, и он готовит засаду, задействуя для ловушки всех боевиконов. Вортекс и Бласт Офф отправились уничтожать мост самый короткий путь через старый город, чтобы транспортник Автоботов поехал в объезд, где и находиться западня Десептиконов. При поддержке Броула, не сразу, правда, это удаётся. Когда траснпорт изменил курс, по команде Старскрима армада фиолетовозначных начинает атаку, но мощные орудия, установленные на крыше их цели, быстро сводят боевой пыл летунов на нет, нанеся эскадрильи непоправимые потери.
Онслот, командир боевиконов, возмущенный тупостью своего лидера, отправляет Свиндла, чтобы тот подбил колеса у огромного механизма, но транспорт оказывается полно сюрпризов и, как только бовеикон выполнил свою миссию, активирует мощные ускорители и взлетает. Отряды десептиконов, брошенные в атаку раньше времени по приказу Старскрима, несут чудовищные потери и тот приказал отступать. Боевиконы нарушили приказ и объединились в гельштальд - огромного механоида Брутикуса. Прорвавшись к кабине пилотов, они смогли посадить транспортник, но Старскрим арестовывает их за нарушение приказа и потерю половины энергона при жёсткой посадке.
Тем временем Саундвейв, втайне ото всех, в своих старых мастерских под старыми гладиаторскими аренами Каона возрождает Мегатрона, собрав для него новый корпус и использовав остатки Темного Энергона. Истинный лидер Десептиконов, узнав, что Старскрим встал во главе его армии, решил уничтожить его, но тот, после короткого боя на легендарных аренах спасся бегством.
Мегатрон отправляется в Иакон, чтобы найти Триптикона, который ранее был уничтожен алозначнымими и теперь использовался ими для добычи энергии из его мощного реактора. С помощью боевиконов прорвавшись с боем к своему павшему слуге, Лорд фиолетовозначных объялил, что это не спасательная операция - Триптикон проиграл Автоботам и более не достоин служить Мегатрону, поэтому, по приказу своего лидера, Саундвейв перестраивает его в космический корабль Десептиконов — «Немезис».
Старскрим прилетает в Каон, мечтая о мести. Там, повредив системы безопасности и следуя за Шоквейвом, он находит Гримлока и предлагает ему подчиниться в обмен на то, чтобы Автобот служил ему. Тот, в свою очередь, освобождается сам. Следуя воспоминаниям, Гримлок сперва находит Свупа, потом уничтожает первого слугу Шоквейва - Бомбшелла. Потом, вместе они нашли остальных членов «Удара Молнии»: Слэга и Снарла, поразив оставшихся разумных инсектиконов - Кикбэка и Харпшота. Диноботы обнаружили, что Шоквейв создал в Каоне копию «космического моста». Гримлок, с помощью Слэге связался с Оптимусом и сообщил, что хочет взорвать «Космический мост». Он, найдя Шоквейва, уничтожил его и уже запущенный «Космический мост». Дальнейшая его судьба неизвестна, как и судьба других Диноботов.
Из-за вмешательства Гримлока открытый портал стал нестабильным. В критической для Автоботов ситуации Метроплекс пожертвовал собой и отдал всю свою энергию "Ковчегу". Автоботы взлетели, но десептиконы на "Немезисе" начали преследование врагов. Последний бой завязывается прямо в космосе.
Саундвейв и его кассетники высадились в первой абордажной волне и отключили защитные турели "Ковчега", мешавшие фиолетовозначным начать полноценную атаку. Корабль Десептиконов настиг Ковчег и взял его на абордаж, но Джетфайер уничтожил абордажные тросы и битва захлебнулась бы, если бы не Брутикус, стремившийся уничтожить топливные баки корабля Автоботов, но Джаз с помощью ЭМИ-бомб Джетфайера смог остановить его.
В время обстрела "Ковчега" Бамблби получил ранение и теряет дар речи. Рэтчет обследовал его, когда десептиконы атаковали Мостик. Медик кинул в них ослепляющую гранату, после чего восстановившийся разведчик разобрался с ними. Дальше Рэтчет отдал Бамблби реактор и отправляет его к регулятору энергона, чтобы восстановить энергию и подать ее на корабельные орудия. Исправив поломку, Шершень помчался на помочь Оптимусу, который бьется с Мегатроном. Лидер Десептиконов, временно выбив Прайма из боевого состояния, оторвал одну из турелей и выстрелил в Командира Автоботов, но подоспевший вовремя разведчик бросился под выстрел и заслонил собой командира.
Оптимус, оставшийся цел благодаря поврежденному Бамблби, вступаетв последнюю схватку с Мегатроном, но окончательно разрушенный "Космический мост" затянул в себя "Ковчег" и "Немезис", закрывшись навсегда...
© Wikipedia